大阪市立大学関連
関連研究機関・研究室
- 大阪市立大学大学院工学研究科化学生物系専攻バイオ工学講座生物化学工学分野
- 大阪市立大学大学院工学研究科化学生物系専攻バイオ工学講座生体機能工学分野
- 大阪市立大学大学院工学研究科化学生物系専攻バイオ工学講座生体材料工学分野
- 大阪市立大学大学院工学研究科化学生物系専攻バイオ工学講座細胞工学分野
- レーザー技術総合研究所
- 東北大学大学院工学研究科バイオ工学専攻生体機能化学講座タンパク質工学分野(熊谷研究室)
- 東京大学医科学研究所疾患蛋白質工学分野(津本研究室)
- 兵庫県立大学大学院生命理学研究科生命科学専攻生体物質構造解析学部門生体物質構造学I分野(樋口研究室)
関連学会
データベース
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NCBI (National Center for Biotechnology Information)
米国立生物工学情報センターが運営する総合データベース(配列データベース、文献データベースなど) -
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
国立遺伝学研究所が運営する塩基配列データベース -
EMBL Nucleotide Sequence Database
欧州分子生物学研究所が運営する塩基配列データベース -
Swiss-Prot
スイスバイオインフォマティクス研究所が中心となり運営するタンパク質アミノ酸配列データベース -
PROSITE
ジュネーブ大学において開発されたタンパク質配列モチーフデータベース -
GenomeNet
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターが提供するインターネットサービス -
IMGT (The international ImMunoGeneTics information system)
免疫グロブリン、T細胞受容体、MHCなど免疫系分子に関する統合データベース
配列解析プログラム
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BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
塩基配列あるいはアミノ酸配列の比較を行うためのプログラム -
CLUSTALW
複数の塩基配列あるいはアミノ酸配列を比較するためのプログラム -
IgBLAST
免疫グロブリンに特化したBLASTプログラム -
SOSUI
アミノ酸配列をもとに膜貫通領域を予測するプログラム -
SignalP
シグナルペプチドの予測プログラム
タンパク質立体構造解析関連
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PDB (Protein Data Bank)
タンパク質や核酸など生体高分子の立体構造データベース -
SWISS-MODEL
ホモロジーモデリング法により立体構造を予測するプログラム -
CCP4
結晶構造解析用のプログラムパッケージ -
CNS Solve
位相決定や構造精密化のためのプログラム -
Coot
モデル構築、構造精密化