大阪市立大学 大学院工学研究科 化学生物系専攻 バイオ工学講座 生物分子工学分野 北村研究室

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データベース

配列解析プログラム

  • BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
    塩基配列あるいはアミノ酸配列の比較を行うためのプログラム
  • CLUSTALW
    複数の塩基配列あるいはアミノ酸配列を比較するためのプログラム
  • IgBLAST
    免疫グロブリンに特化したBLASTプログラム
  • SOSUI
    アミノ酸配列をもとに膜貫通領域を予測するプログラム
  • SignalP
    シグナルペプチドの予測プログラム

タンパク質立体構造解析関連

  • PDB (Protein Data Bank)
    タンパク質や核酸など生体高分子の立体構造データベース
  • SWISS-MODEL
    ホモロジーモデリング法により立体構造を予測するプログラム
  • CCP4
    結晶構造解析用のプログラムパッケージ
  • CNS Solve
    位相決定や構造精密化のためのプログラム
  • Coot
    モデル構築、構造精密化
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